ナノマシンとは、物質を原子・分子のレベルで操作する、ナノ（10億分の１）メートル規模の機械のこと。DNAやたんぱく質、樹脂などの生体分子を部品として形成される。細菌の運動を担う鞭毛にある、人工モーターの構造に類似したたんぱく質集合体などがナノマシンにあたる。１つ１つのナノマシンの作動は非常に単純で、複雑な作業を行う場合には「ユニット」と呼ばれるナノマシンを組み合わせた集合体が構築される。生体や環境に有益なバイオナノテクノロジーの基盤として研究が進められている。