日本内部監査協会が2004年6月に公表している「内部監査基準」では、内部監査の本質について、次のように述べている。
「内部監査とは、組織体の経営目標の効果的な達成に役立つことを目的として、合法性と合理性の観点から公正かつ独立の立場で、経営諸活動の遂行状況を検討・評価し、これに基づいて意見を述べ、助言・勧告を行う監査業務、および特定の経営諸活動の支援を行う診断業務である」
内部監査は、会計監査や監査役監査のように法律上の根拠はない。また、この2つの監査が株主に結果を報告するのに対し、内部監査の監査結果は経営者に報告する。実際の監査は、公正で独立の立場にある内部監査人が行うが、多くの場合、たとえば「内部監査室」といった名称で、経営者直轄の会社の一部門が担当する。つまり内部監査部門は、経営活動の現場に根ざす問題を発見し、改善の提案を通じて、コーポレートガバナンスを支える実働部隊としての役割を担うものである。