21世紀COEプログラムとは、文部科学省が大学での革新的な学術分野を選び、研究費を補助しようというプログラムのこと。COEは、Center Of Excellence（センターオブエクセレンス）の略で、卓越した拠点という意味である。つまり、大学における卓越した研究に対して補助を行い、研究の拠点や人材を育成しようという主旨のプログラムだ。 このプログラムは、当初2年間の予定だったが、2004年度も引き続き選定する研究テーマの件数を絞り込んで助成が行われている。実際のプログラム選定などについては、文部科学省が、独立行政法人 日本学術振興会に委託している。これを受けて日本学術振興会では、補助金の審査や評価に関する業務を行うため、『21世紀COEプログラム委員会』を設けて、この補助金に関する審査や評価などを行っている。