ECにおいて、ネットワーク上で行われる決済の方法を示す。クレジットカードの番号を暗号化して伝える手法と、電子マネーを利用する手法に代表される。
基本的にオープンなインターネット上で安全に決済を行うには、さまざまな工夫が必要となる。その第一は、本人であることを確認する認証（Authentication）。PKI（Public Key Infrastructure:公開鍵基盤）をベースとした公開鍵暗号方式が、その代表である。また、文書の正当性を保証するためにはデジタル署名が開発されている。デジタル署名は、認証局（CA:Certificate Authority）と呼ばれる第三者機関から発行される。
インターネット通信の安全性を高める暗号通信プロトコルが、SSL（secure sockets layer）。WebサーバーとWebブラウザの間でやりとりするデータを暗号化し、安全性を確保する。ユーザー認証や決済情報の送受信などで利用されている。そして、インターネット上でクレジットカードによる決済を安全に行うために開発されたのが、SET（Secure Electronic Transactions）。ユーザーがインターネット上の電子商店に送る発注関連の情報と、クレジットカード会社など金融機関に送る決済関連の情報を完全に分離する。電子商店でさえもユーザーのカード番号を見せないことで、決済の安全性を高めている。
いろいろな実用実験が行われて注目されている電子マネーも、決済手段のひとつとなる。いまのところ、プリペイドタイプの電子マネーが中心となっている。その簡便さと、10円程度の少額決済も可能なことから、音楽配信などのデジタルコンテンツなどに適しているといわれる。